iPhone 3GからiPhone 3GSに進化しても、４０秒の.m4rファイルという決まりは変わっていないようです。というか、iPhone 2.×からiPhone 3.0と表現するべきでしょうか？
ほとんどの方は、iTunesのライブラリに入っている曲から、４０秒以内の.m4rファイルを作り出す方法を知っていると思いますが、おさらいとして簡単に書いておきます（Windowsの場合）
ただ、変換できるとしても、著作権等の侵害になるような行為はしないように注意しましょう。
・変換したい曲のプロパティ＞オプションで「開始時間」「停止時間」を曲の好きな場所に設定（４０秒以内）
・右クリック＞選択項目をAACに変換
・変換したファイルをエクスプローラー拡張子を.m4aから.m4rに変換（ここでみんなつまづくけど、手動で書き換えるだけでOK）
・変換したファイルをダブルクリックするとiTunesのサイドバー内「着信音」に表示される。（もともと「着信音」というライブラリがない場合、この時点で作られるらしい）
・iPhone接続し、右クリック「着信音＞着信音を同期」をチェック
・iPhoneとiTunesを同期させる
上記の方法で、簡単に変換できるはずです。iTunesのバージョンによっては、iTunesでダウンロードした曲じゃないと、iPhoneの着信音に変換できないみたいな警告が表示される方もいるみたいですが、今のところは、無視して、上記の方法で変換するとできるようです。
上記の方法が難しくてわからないよ！という方や頻繁に変換するから面倒だよ！という方は、iPhoneの着メロ作成ができるソフト等も1000円程度で販売されていて、Win版もMac版もあるので購入してみると良いでしょう。
また、iPhoneの着信音向けに.m4rを配布しているサイト等もあるので、いろいろと聞いてみると、意外と気に入る着信音なんかがあったりするかもしれません。